【案例分析題】A施工企業(yè)以施工總承包方式中標一項新建鐵路客運專線工程，因施工資源不足，將其中的一隧道工程（全長3480米）的全部工作內容以內部招標形式交由只具有土石方工程資質的B企業(yè)施工，并簽訂了工程施工合同。施工中，建設單位在一次質量大檢查中發(fā)現(xiàn)，該隧道已完成的工程中存在嚴重質量問題。經A企業(yè)同意，建設單位委托專業(yè)公司對質量缺陷進行了修復。A企業(yè)隨即終止了與B企業(yè)的合同關系，B企業(yè)要求A企業(yè)支付其已完工程費用。A企業(yè)是否應支付B企業(yè)已完工程費用？說明理由。