在替換矩陣中,每個(gè)位置的打分是在相關(guān)蛋白局部比對(duì)模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的,每個(gè)矩陣被修改成一個(gè)特殊的進(jìn)化距離。
三個(gè)或多個(gè)序列之間的比對(duì),如果序列在同一列有相同結(jié)構(gòu)位置的殘基和(或)祖?zhèn)鞯臍埢瑒t會(huì)在該位置插入空位。